Sú tomu dva roky, čo sme naposledy navštívili rodinu myšiaka Stuarta Littla. Odvtedy sa mnohé zmenilo - Stuart je o niečo starší a spokojne žije novým štýlom života. Cestuje do školy vo svojom vlastnom aute, naučil sa lepiť modely lietadiel a je pyšný na to, že sa mu podarilo dostať do futbalového tímu. Rád sa hrá so svojím veľkým bratom Georgom a s novou sestričkou Marthou, dokonca si začína rozumieť i s večne namosúrenou mačkou Sniežikom. I napriek tomu Stuart túži po blízkom priateľovi, s ktorým by si rozumel viac ako s ostatnými. Jedného dňa cestou zo školy Stuart začuje hlasný výkrik a na sedadlo spolujazdca v jeho aute dopadne zranený vták. Keď precitne z bezvedomia, tajomná operená slečna sa mu predstaví ako Margalo a vystrašeným hlasom Stuartovi vysvetlí, že je ohrozovaná sokolom, obávaným zločincom, ktorý terorizuje všetky zvieratá z Manhattanu.
