동도, 서도, 북도 3개의 수도가 펼쳤던 전쟁이 끝났다. 판도라 타워에는 새로운 정부가 수립되고 3개의 수도에는 이제까지의 수상을 대신하여 각각 장관이 배치된 평화를 위한 새로운 체제가 확립되었다 그랬어야 했다... 그러나 그것은 가면라이더 빌드 / 키류 센토를 박멸하기 위함이라는 숨겨진 진실과 이어진 완벽한 계획이었다! 최고의 파트너를 잃고 최악의 상태에서 도출해낸 답은 기적의 법칙!! 어째서 빌드 드라이버에 2개의 보틀이 필요한 것인가? 어째서 가면라이더 빌드 / 키류 센토는 싸우는 것인가? 그 답은 단 하나 『반드시 할 수 있어... 너와 나라면... 자아, 최후의 실험을 시작해볼까』
