소노다 마리는 키쿠치 케타로의 조카 죠타로, 카이도 나오야, 그리고 어느 새 돌아온 쿠사카 마사토와 함께 '서양세탁소 키쿠치'를 운영하면서 오르페녹을 비호하고 있었다. 한편, 정부에 의해 기업 재생된 스마트 브레인은, 오르페녹의 섬멸을 목표로 하는 기업으로 변모했고, 키타자키가 회사를 이끌고 있었다. 어느 날, 쫓기는 오르페녹을 구하기 위해 쿠사카와 카이도는 가면라이더 카이자와 스네이크 오르페녹이 되어 섬멸대 대장 쿠루미 레나/가면라이더 뮤즈와 교전. 그곳에 나타난 것은 몇 년 전 마리 일행 앞에서 사라진 이후 실종됐던 이누이 타쿠미였다. 타쿠미는, 이전과는 다른 모습의 파이즈 · 가면라이더 넥스트 파이즈로 변신해, 스마트 브레인사의 첨병으로서, 그 힘을 사용하기 시작했다...! 넥스트 파이즈에게 공격을 받아 혼란하는 마리 일행. 타쿠미는 왜 스마트 브레인에 있는가? 지금까지 무엇을 하고 있었는가? 파란을 머금은 그들의 재회는 오르페녹과 인류를 둘러싼 새로운 이야기의 서막에 불과했다.
