Subito dopo essere salito per l'ultima volta sul Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino è stato incarcerato. Il treno galattico sta per fare la sua fermata di 24 ore sulla Terra, che ora è governata da un nuovo dittatore, ancora più terribile, che ha preso il posto degli uomini meccanici che la dominavano in precedenza, e contro i quali Tetsurou aveva combattuto con valore. Bolkazanda III, il nuovo governatore della Terra, è in realtà il fantoccio di un misterioso dominatore, che non ha alcuna pietà per la razza umana. Tetsurou, che nel frattempo si è fatto crescere una folta chioma, viene aiutato da una ragazza che assomiglia molto alla madre scomparsa, fino al giorno in cui la fanciulla viene imprigionata in un blocco di ghiaccio...
